سیر بیماری امام خمینی از روز اول خرداد ماه سال 1368 ه. ش. به طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم به جراحی دستگاه گوارش ایشان گرفتند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام خمینی در ساعت 20/22 روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال 1368 به ملکوت اعلا پیوست.

با ارتحال امام خمینی، گویی زلزله ‏ای عظیم رخ داده است، بغضها ترکید و سرتاسر ایران و همه کانون هایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند، یکپارچه گریستند و بر سر و سینه زدند.

هیچ قلم و بیانی قادر نیست ابعاد حادثه را و امواج احساسات غیرقابل کنترل مردم را در آن روزها توصیف کند. روز چهاردهم خرداد 1368، مجلس خبرگان رهبری، تشکیل گردید و پس از قرائت وصیتنامه امام خمینی  توسط حضرت آیت ‏الله خامنه‏ ای که دو ساعت و نیم طول کشید، بحث و تبادل نظر برای تعیین جانشین امام خمینی و رهبر انقلاب اسلامی آغاز شد و پس از چندین ساعت، سرانجام حضرت آیت ‏الله‏ خامنه ‏ای (رئیس جمهور وقت)  به اتفاق آرا برای این رسالت خطیر برگزیده شد.

وداع مردم با امام خمینی  در روز و شب پانزدهم خرداد 1368، با حضور میلیون ها نفر از مردم تهران و سوگوارانی که از شهرها و روستاها آمده بودند، در محل مصلای امام خمینی برگزار شد. هیچ اثری از تشریفات بی‏ روح مرسوم در مراسم رسمی نبود. همه چیز بسیجی و مردمی و عاشقانه بود. سرتاسر اتوبان و راه های منتهی به مصلی مملو از جمعیت سیاه پوش بود. پرچمهای عزا بر در و دیوار شهر آویخته و آوای قرآن از تمام مساجد و مراکز و ادارات و منازل به‏ گوش می‏ رسید.

در نخستین ساعت بامدادِ شانزده خرداد، میلیونها تن به امامت آیت‏ الله‏ العظمی گلپایگانی (ره)  با چشمانی اشکبار بر پیکر امام نماز گزاردند. مراسم تشییع امام خمینی از مصلی تا مرقد امام خمینی در جنب بهشت زهرا ـ مزار شهیدان انقلاب اسلامی ـ  که به حرم امام خمینی مشهور است، با احساسات غیر قابل کنترل مردم برگزار شد و پیکر مطهر امام خمینی به خاک سپرده شد.